中科院動物研究所目前有四個研究部門，分別是動物進化與系統(tǒng)學(xué)研究組、動物生態(tài)與保護研究組、動物分子生物學(xué)研究組和動物行為與認知研究組。

這些研究組主要從不同角度研究動物的進化、系統(tǒng)學(xué)、生態(tài)、保護、分子生物學(xué)、行為和認知等方面的問題，探討動物在自然界中的生存和適應(yīng)策略，為保護和利用動物資源提供科學(xué)依據(jù)。同時，這些研究組還致力于培養(yǎng)和培訓(xùn)青年科學(xué)家，推動動物學(xué)科學(xué)的發(fā)展。