兩者語序不同。

where it is是陳述語序，常用于賓語從句中。例如：

Excuse me, could you please tell me where it is? 打擾一下，請你告訴我它在哪里好嗎？

It's on the desk. 它在書桌上。

Where is it?是疑問語序，意為“它在哪里？”例如：

Where is it? 它在哪里？

It's in the classroom. 它在教室里。